Covid-19 : Le variant Omicron identifié dans 57 pays

Le variant Omicron a été identifié dans 57 pays à travers le monde, coïncidant avec une hausse du nombre de cas de Covid-19 en Afrique australe, a indiqué mercredi l’Organisation mondiale de la santé (Oms).

«A l’heure actuelle, des cas Omicron ont été signalés dans 57 pays de toutes les régions de l’Oms. La plupart des cas identifiés dans ces pays sont actuellement liés à des voyages, mais cela pourrait changer au fur et à mesure que des informations supplémentaires seront disponibles », a souligné l’Oms dans son dernier bulletin épidémiologique, relevant que « le variant Omicron pourrait avoir un avantage de croissance par rapport aux autres variants en circulation ».

Mais à ce stade, l’Oms ne sait pas encore « si cela se traduira par une transmissibilité accrue ». Une façon pour elle de rappeler que les données sur la gravité clinique du variant Omicron sont également limitées. Citant les 212 infections détectées dans 18 pays de l’Union Européenne, l’Oms note que l’évolution de la maladie était « asymptomatique ou légère ».

Une sévérité d’Omicron équivalente voire potentiellement moindre que Delta.
« Alors que l’Afrique du Sud a connu une augmentation de 82% des hospitalisations dues au coronavirus (de 502 à 912) au cours de la semaine du 28 novembre au 4 décembre 2021, on ne connaît pas encore la proportion de ces hospitalisations dues au variant Omicron », a précisé l’Oms.

Dans son dernier relevé épidémiologique hebdomadaire, elle souligne que des données supplémentaires restent tout de même nécessaires pour déterminer le degré de sévérité des cas de Covid-19 liés à une contamination par le variant Omicron ainsi que pour comprendre si les mutations caractéristiques sont susceptibles de réduire la protection conférée par les vaccins.

« Même si la sévérité (des cas du coronavirus développés après une contamination par ce variant) est équivalente voire potentiellement moindre que pour le variant Delta (majoritaire actuellement dans la plupart des pays), il devrait y avoir une progression des hospitalisations lorsque davantage de personnes seront contaminées et il y aura un décalage temporel entre la progression du nombre de cas et la hausse du nombre des décès », souligne l’Omd, ajoutant que des informations supplémentaires sont nécessaires pour comprendre pleinement le tableau clinique des personnes infectées par Omicron.

Hausse des cas en Afrique australe

Bien qu’il semble y avoir des preuves que le variant Omicron puisse avoir un avantage de croissance par rapport aux autres variants en circulation, l’Oms ne sait pas encore si cela se traduira par une transmissibilité accrue. « Sur la base de plusieurs hypothèses, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a prévu que si 1% des infections sont dues au variant Omicron, celui-ci deviendra dominant en Europe, représentant 50% des nouvelles infections, d’ici le 1er janvier 2022 », a détaillé l’Oms.

En attendant, l’Afrique du Sud, où Omicron a été séquencé pour la première fois, l’incidence des infections a continué à augmenter depuis la deuxième semaine de novembre, avec plus de 60.000 nouveaux cas signalés entre le 29 novembre et le 5 décembre. D’après  l’Oms, il s’agit d’une augmentation de 111% par rapport à la semaine précédente. Dans le même temps, une hausse du taux de positivité des tests a également été observée, passant de 1,2% la semaine du 7 novembre à 22,4% la semaine du 2 décembre.

De plus, une augmentation initiale de l’incidence dans la province de Gauteng à la mi-novembre a été attribuée en partie à une concentration de cas parmi les étudiants d’une université. Des hausses très importantes de l’incidence hebdomadaire des cas ont également été observées dans certains pays voisins de l’Afrique du Sud, notamment : Eswatini (1990%) ; Zimbabwe (1361%) ; Mozambique (1207%), Namibie (681%) et Lesotho (219%).

L’hypothèse de mutations pouvant réduire l’activité neutralisante des anticorps

Ces autres pays ont une couverture vaccinale très faible, allant de 12% de la population totale entièrement vaccinée en Namibie à 26% au Lesotho. En Afrique du Sud, 25% de la population totale est entièrement vaccinée. Bien que « les facteurs à l’origine de ces augmentations restent inconnus », il est « plausible » que cela soit dû à la propagation d’Omicron dans cette région ainsi qu’au renforcement des tests de dépistage du coronavirus après que cet variant a été désigné comme « préoccupant » (Voc).

Sur un autre plan, l’Oms a noté que « l’analyse préliminaire suggère que les mutations présentes dans le variant Omicron pourraient réduire l’activité neutralisante des anticorps, entraînant une protection réduite de l’immunité naturelle ». Pour elle, cela explique « pourquoi le variant semble se propager rapidement dans une population fortement immunisée comme l’Afrique du Sud », où la couverture vaccinale actuelle chez les adultes est d’environ 35%, mais où les niveaux de séroprévalence sont estimés à 60-80% en raison d’infections passées.

Par ailleurs, l’infection par le SRAS-CoV-2 peut être diagnostiquée à l’aide de tests moléculaires (Pcr) ou de tests de détection de l’antigène (rapide). A ce jour, aucune erreur de diagnostic (résultats faussement négatifs) n’a été signalée pour un produit de diagnostic approuvé par l’Oms, en relation avec Omicron.

Omicron se propage, mais Delta reste dominant

S’agissant de l’impact sur les vaccins, l’Oms estime que des informations supplémentaires sont nécessaires afin d’évaluer l’efficacité des vaccins contre la souche Omicron. « Il faut davantage de données pour évaluer si les mutations présentes sur le variant Omicron peuvent entraîner une protection réduite de l’immunité dérivée du vaccin et des données sur l’efficacité du vaccin, y compris l’utilisation de doses de vaccination supplémentaires », a relevé l’Oms, ajoutant qu’elle « continuera à travailler avec ses partenaires pour suivre et évaluer ces données lorsqu’elles seront disponibles ».

De plus, si l’Oms continue de collaborer avec les chercheurs pour comprendre l’efficacité des traitements contre le variant Omicron, les inhibiteurs d’interleukine-6 (anti-IL-6) et les corticostéroïdes devraient continuer à être efficaces dans la prise en charge des patients atteints d’une maladie grave ».

Plus largement, si Omicron continue d’affoler la planète, l’épidémiologie mondiale actuelle du SRAS-CoV-2 se caractérise pourtant par une prédominance du variant Delta. Sinon, l’Oms observe « une tendance à la baisse de la proportion d’Alpha, de Bêta et de Gamma, et l’émergence d’Omicron qui a été désigné comme variant préoccupant le 26 novembre ».

Sur les 899.935 séquences avec des échantillons collectés au cours des 60 derniers jours, le variant Delta domine. Avec plus 897.886 séquençages, cela représente 99,8 %.

(Avec Pressafrik)